История института началась в 1933 году, когда постановлением Совета народных комиссаров СССР на базе авиационного факультета Киевского политехнического института был создан Киевский авиационный институт.
В дальнейшем название менялось: Киевский институт гражданского воздушного флота (1947 год), Киевский институт инженеров гражданской авиации (1965 год), Киевский международный университет гражданской авиации (1994 год) и в 2000 году Национальный авиационный университет.